Doğal seleksiyon konusunda evrimcilerin kullandıkları yanıltıcı üsluplardan biri, bu mekanizmayı bilinçli bir tasarımcı gibi göstermeye çalışmalarıdır. Oysa doğal seleksiyonun bir bilinci yoktur. Canlılar için neyin iyi, neyin kötü olduğunu ayırt edecek bir akla sahip değildir. Bu nedenle doğal seleksiyon karmaşık yapıya sahip sistemleri ve organları asla açıklayamaz. Söz konusu sistem ve organlar, iç içe geçmiş pek çok parçanın birarada çalışmasıyla oluşur ve bu parçaların birisi bile olmasa ya da kusurlu olsa hiçbir işe yaramazlar. Bu tür sistemler, "indirgenemez komplekslik" olarak tanımlanan özelliğe sahiptirler. Örneğin insan gözü daha basite indirgenemez, çünkü tüm detaylarıyla birlikte var olmadığı sürece işlev görmez.
Bu tür bir sistemi meydana getiren bilincin, geleceği önceden hesaplayarak, sadece en son aşamada elde edilecek olan faydayı amaçlaması gerekir. Doğal seleksiyon ise bilinç ve irade sahibi bir mekanizma olmadığı için, böyle bir şey yapamaz. Bu gerçek, "eğer birbirini takip eden çok sayıda küçük değişiklikle kompleks bir organın oluşmasının imkansız olduğu gösterilse, teorim kesinlikle yıkılmış olacaktır" diyen Darwin'in endişe ettiği gibi, evrim teorisini en temelinden yıkmaktadır.5
Doğal seleksiyon sadece bir canlı türü içindeki sakat, zayıf ya da çevre şartlarına uymayan bireyleri ayıklar. Yeni canlı türleri, yeni genetik bilgi ya da yeni organlar yaratamaz. Yani, evrimleştiremez. Darwin de bu gerçeği "faydalı değişiklikler oluşmadığı sürece doğal seleksiyon hiçbir şey yapamaz" diyerek kabul etmiştir.6 Bu nedenle neo-Darwinizm, doğal seleksiyonun yanına "faydalı değişiklik sebebi" olarak mutasyonları koymak zorunda kalmıştır. Oysa mutasyonlar, sadece ve sadece "zararlı değişiklik sebebi"dirler.