Gizemci ekol ve kurumlardaki çalışmalar, Masonlukta olduğu gibi, kapalı bir örgütlenme içinde ve belli bir dereceler silsilesine uyularak verilir. Bu, Ezoterik Sistem’in gereğidir ve görünüşteki benzerliktir. Bununla kalmayarak, görüş ve anlayış bakımından da Masonluk ile gizemci ekol ve kurumların birtakım benzerlikleri gösterilebilir. Birçok mason ritinin çeşitli derecelerinde uygulanmakta olan ritüellerinde, çeşitli gizemci ekol ve kurumlardan esinlenmeler görülebilir.
Şöyle sormalı: «Gizemcilik ile Masonluk arasındaki ayrılıklar nelerdir?»
Gizemcilikte aklın izleyeceği yol ve akıl yürütmenin yöneldiği amaç önceden belirlenmiştir. Masonlukta aklın özgürlüğü sınırsızdır.
Masonlukta olduğu gibi, Gizemcilikte de “bilim”e çok önem verilir fakat Gizemcilikte benimsenerek üzerinde öncelikle durulan bilim, asıl görünenlerin ardında gizli olan anlamları “sezgisel yöntemler” kullanılarak çıkarmak üzerine kurulu bir bilimdir. Gizemcilik, bu tür bir bilim ile doğrudan uğraşır. Masonlukta ise; bilim, doğrudan bir uğraşı alanı değildir; yalnızca gerçeklerin araştırılmasında öncelikli tutulup kullanılması gereken bir öğe, bir temel dayanak, bir yol göstericidir. Üstelik Masonlukta üzerinde özenle durulan bilim, nesnel (objektif) olan, gözlemlere ve deneylere dayanan, eleştirilebilen, tartışılabilen, sınanabilen, akıl yoluyla çözümlenebilen ya da çözümlenmesi olanağı bulunan, yasaları göreli bir ölçüde doğru fakat asla “kesin ve son” olmayan, değişim ve gelişime elverişli, yalnızca bireye değil insanlığa yarar sağlayan, böylelikle de yalnızca bireyi değil insanlığı evrime yönelten, çağdaş Pozitif Bilim'dir.
Gizemcilikte egemenlik gizemlerde ve bilinmezlerdedir. Gizemci benimseyişe göre; bunun ardında, ancak sezgisel yöntemlerle ulaşılabilen “tanrısal gerçek” bulunur. Masonlukta ise, bilimsel yöntem uygulanarak göreli (nispî, rölatif), bulundukları koşullarda doğrulukları kanıtlanmış, sonradan yeniden sınamalardan geçerek değişebilecek olan somut ve nesnel gerçeklerin egemenliği benimsenir.
Gizemcilikte sevgi, “Saltık Varlık” ya da benzeri bir kavram ile nitelenen soyut bir ülküye yöneliktir. Buna, ancak bir tür “vecd” yoluyla erişilebildiği benimsenir. Masonlukta üzerinde özenle durulan sevgi ise, gerek bireylerin gerekse toplumların gönenç ve mutluluğuna yönelik, doğaya ve insanlığa dönük, bireyin istemine bağlı “bilinçli ve etkin bir sevgi”dir.
Gizemcilikte, bireyin ve toplumun uygarlığı, insanların toplu ve ortak mutlulukları, evrimsel doğrultudaki gelişme ve ilerleme hiç de önemli şeyler değildir. Yalnızca bireylerin, temiz yürekli, iyi ahlâklı, bilgili ve olgun insanlar olarak yetişmeleri önemli ve gerekli tutulur. Masonluk ise bir "evrensel insanlık ülküsü"nün peşinde koşmaktadır; bu nedenle de bireylerin gelişimleri ve yetkinleşmeleri, yalnızca bireysel boyutta ve edilgin bir nitelikte değil, bireyin çevresi, toplumu ve tüm insanlık için etkin olmak üzere önemli tutulur.