HMS Beagle 29 Şubat 1832 günü Brezilya’da Bahia Eyaletinin başkenti San Salvador’a ulştı. Burada Tropikal yağmur ormanlarında araştırmalar yaptı. Elde ettiği bulguları paketleyerek hocası Henslow’a yolladı. Onun olumlu takdirlerini aldı.
Beagle Brezilya’da iken geminin doktoru ve resmi doğa bilimcisi Robert McCormick, gemi kaptanı FitzRoy’un Darwin’e gösterdiği ilgiyi, kayırma olarak düşünerek gemiden ayrıldı. İngiltere’ye döndü. Bu düşüncesinde Darwin’in gemi kaptanı ile yemek yiyebilmesi, onunla sohbet ederek sıcak bir ilişki kurması, görüşlerini paylaşması etkili olmuştur.
Yıllar sonra İngiltere’ye döndüklerinde FitzRoy kuramı nedeniyle Darwin’e karşı çıkacak, Huxley’in bir tartışmasında elindeki incili göstererek bunların kutsal kitaba aykırı olduğunu söyleyecekti. Yaşamına intihar ederek son verdi.
Beagle 24 Ağustos 1832 günü Arjantin’de Arjantin’de Bouenes Aires vilayetinin Bahia Blanca limanına vardı.
Arjantin’de yaptığı geziler süresince (Bahia Blanca, Punto Alta, Santa Cruz), ileride oluşturacağı teorinin önemli ipuçlarını yakalar.
Birçok soyu tükenmiş hayvan fosili bulur. Megatherium, Armadillo, Mostadont, Taxodon bunlardan bazılarıdır. Soyu tükenen bu hayvanların günümüzde örnekleri yoktur. Kutsal kitabın yorumlanmasına göre, Tanrı tarafından yaratılmış hayvanların soyunun tükenmesi ve değişmesi olanaklı değildi. Bu nedenle bu fosiller Tufan sırasında boğulmuş hayvanlara ait olmalıydı.
Gemi kaptanı FtzRoy mamut gibi iri hayvanların Nuh’un gemisinin kapısından giremedikleri için boğulduklarına inanıyordu.
Arjantin gezisinde bir şey daha Darwin’in dikkatini çekti. Bir yıl önce görmüş olduğu deniz kabukluları içeren beyaz tabaka burada da vardı. Hatta Rio Santa Cruz’da denizden içeriye vadinin her iki yamacında kilometrelerce uzanıyordu. Bu kıtanın (Güney Amerika) geniş alanlarda yavaş bir şekilde yükseldiğini gösteriyordu.
Marine Fossils on Top of the Andes Mountains
(And dağları'nda denizel fosiller. Yaklaşık 3000 metre. 2001 yılı)
HMS Beagle gemisi G. Amerika’nın doğu kıyılarının haritasını çıkarttıktan sonra rotasını batıya çevirdi. Magellan Boğazını geçerek Pasifik okyanusuna açıldı. İlk önce Şili’de Chilio adasına sonrasında Navidad limanına demirledi. Darwin burada 1834 yılında And dağlarına 3 keşif-araştırma gezisi düzenledi. İlki 14 Ağustos-27 Eylül, ikincisi 18 Mart-10 Nisan, üçüncüsü ise 27 Nisan-22 Haziran tarihleri arasındadır. Bu gezilerdeki amacı kalıcı kar sınırına kadar yükselmek ve jeolojik incelemelerde bulunmaktır.
And dağlarında yükseklik nedeniyle flora ve fauna ( bitki-hayvan) son derece azdı. Ancak 5800 metre yükseklikte deniz kabuklularına ait fosiller buldu. Geriye dönerken Villa Vicencio yakınlarında 2000 metre yükseklikte denizaltı volkanizmasına ait izler gördü.
Ayrıca Darwin Şili’de olduğu sürede bir de büyük deprem yaşadı. 20 Şubat 1834 günü Orta Şili’de Valdivia kasabasında ike 2 dakika süren şiddetli bir depreme tanıklık etti. Günlüğüne deprem sonrası çevrede yaptığı gözlemleri şu şekilde aktarmıştır. “ Bu depremin en dikkat çekici sonucu, deniz tabanının kalıcı bir şekilde yükselmesidir. Consepcion körfezi çevresinde sahilde 1m’ye yakın olduğuna kuşku yok. Yaklaşık 50 km uzaklıktaki Santa Maria Adası’nda bu yükselme daha belirgin ve kaptan FitszRoy adanın bir kısmında, deniz seviyesinden 3 m kadar yükselmiş, üzerinde kokmuş midye yığınları bulunan kayalar buldu. Ada sakinleri de depremden önce, suyun alçak olduğu zamanlarda midye çıkarmak için bu kayalara daldıklarını söylemişler”
Darwin geziye çıkarken yanına Charles Lyell’in “Jeoloji’nin Prensipleri” kitabını almıştı.Gezi boyunca gördükleri bu kitaptaki ilkeler ile uyuşmaktaydı. Doğada her şey yavaş bir şekilde değişmekteydi. Buna “Uniformitarianizm” (Kısaca uniform) denilmekteydi. Yoksa Şili kıyılarındaki falezlerde ve 6000 metre yükseklikteki denizel fosillerin bulunması başka nasıl açıklanabilirdi.
Burada tekra bir parantez açarak “Uniformitaryanizm” ve “Katastrofizm” hakkınca biraz bilgi vermek istiyorum. Modern jeolojinin temel ilkelerinin ortaya konulmaya başlandığı 18 yy’dan öncesinde hatta yer yer 19 yy’da doğadaki her şeyin, yerşekillerinin ani bir şekilde, bir seferde, tek bir olayla oluştuğu düşünülüyordu. Bu büyük olaya “Tufan” deniliyordu. Tufan “Katastrofik-Ani, karmaşık, yıkıcı” bir olaydı.
Uniform görüş ise doğadaki olayların yavaş bir şekilde, milyonlarca yıllık bir süre, süreç içerisinde olduğunu açıklıyordu. Günümüzde olan olaylar (volkanizma, deprem, kıta-levha hareketleri) geçmişte de olmaktaydı.O zaman olaylar sürekli olarak yineleniyordu. Evet günümüzde bölgesel ani şiddetli olaylar gerçekleşebiliyordu. Ama bu durumda çökeller hem iri hem de küçük unsurları karışık bir şekilde barındıyor. Tabakalar üst üste düzenli bir şekilde sıralanamaz. Günümüzde modern jeolojinin temeli “Uniform” görüştür. Yoksa binlerce metre yükseklikteki tabakalar arasındaki fosilleri açıklamak olanaksızdır.