Matrix bu konuda özellikle Fanları tarafından çok incelendi. Her bir sahnede bir çok öğretiye ve düşünceye atıf var.
Bu tip filmlerin hemen hepsinde bu tip anlamlar çıkartmak mümkün ancak Matrix bu konuda daha titiz bir çalışma. İsimler (Neo-One gibi), yerler (Zion), kişiler (Keymaker, Oracle, morfeus gibi) hepsinin daha derin manası var.
Ancak tek bir düşünceyi kabul etmek yerine hepsini harmanlamaya çalıştılar. Aslında güzel bir yaklaşım fakat o kadar fazla ve farklı metafor kullandılar ki sonuncu bölüm tam bir çözüm sunamadı, fazla havada bıraktı.