Kendisini 'Ortodoks' diye vasıflayan Doğu Kilisesi, Katolik Kilisesinden XI. yüzyılın ortasında kesin olarak ayrılmış; ancak, nihaî ayrılıktan önce kısmî ayrılıklar da olmuştur.
İki başkentin, yani Roma ile Konstantinopolis'in karşıtlıkları zaten çeşitli vesilelerle ortaya çıkmış bulunuyordu. Bu karşıtlık, teolojik bir tartışma yüzünden son haddini buldu. Doğu Kilisesine göre,Kutsal Ruh, Oğuldan değil de, yalnız Babadan çıkmaydı.
Doğu Devletlerinin hepsi, her biri kendi şefine ve kendi hiyerarşisine sahip olan, bağımsız Kiliseler kurmuşlardır. Bunlar; Rus, Yunan,Sırp, Rumen vs. Kiliselerdir.
Ortodoks Kilisesi, A'raf, Meryem'in bir erkekle münasebette bulunmadan gebe kalışı ve papanın yanılmazlığı düşüncelerini reddeder. Ortodoks papazlar evlenirler. Tapınış eski usullere uygun olarak, her memleketin kendi dilinde yapılır. Müminler hamurlu ekmek ve şarapla komünyon âyini yaparlar.
Bir de Evtikhes'in müridleri olan muhalifler vardır ki; Evtikhes, tersine olarak İsa'da yalnız bir tek tabiat,tanrısal tabiat bulunduğu iddiasındadır. Mısır,Habeşistan,Suriye,Ermenistan Kiliseleri de bu tezi benimsemişlerdir.
Ortaçağ boyunca bazı insanlar, Roma Kilisesinin ilkel Kiliseden gittikçe daha fazla uzaklaştığını görerek, üzülmeye başladılar. Öte yandan,bazı hükümdarlar da Roma'nın ruhanî egemenliğine güçlükle katlanıyorlardı. Ve nihayet,Kilisenin topladığı mallar-mülkler de bazı kıskançlıklara,imrenmelere yol açmaktaydı.
Bu manevi, politik ve ekonomik sebepler, XVI. yüzyılda Reform'un doğmasına yol açtı. Buna da Luther'in "müsamaha ticareti"ne karşı durması vesile oldu.
'Protestan' diye adlandırılan bütün Kiliseler,Reform'dan çıkmadır.
Protestan Kiliselerde çoğu zaman daha gelenekçi olan Ortodoks bir sağ kanatla,daha akılcı ya da daha mistik olan bir sol kanat karşıtlık halindedir. Bazı liberal Protestan İlahiyatçılar,Hristiyan doktrinin temel düşüncelerini, bunlar modern fikirli insanlar tarafından daha kolay kabul edilebilecek bir şekilde yorumlamaktadırlar. Asli günah,bencilliktir. Kurtuluş,menfaat gütmeyen bir yaşayışa girmek demektir. Cehennem yoktur; yalnız gelecekte, buna hak kazanmış olanlar için, mutlu bir hayat vardır.
İbadet ülkenin kendi dilinde yapılır. Müminler iki çeşit komünyon yaparlar.
Protestan Kiliselerin ayrılışlarına ulusal mülâhazalar hâkim olmuştur. Bazı Katolikler, Protestan Kiliselerin dar ulusallık vasfı karşısında kendi Kiliselerinin geniş enternasyonalizmi dolayısıyla sahip olduğu üstünlüğe dikkati çekmektedirler.
Westminster Başpiskoposu Kardinal Mannig, İngiltere Protestan Kilisesinin karşısına, İngiltere'deki Katolik Kiliseyi çıkarmaktaydı.
Örneğin, kurtuluşun niteliği, inayetin rolü üzerindeki bazı teolojik görüşler de bu Kiliseleri birbirlerinden ayırdığı gibi,ibadetteki bazı ayırtılar (nüshalar) da öyledir. Bu ayırtılarda Katolik ibadetine az-çok basitleştirilmiş bulanlar vardır.
Almanya ile İskandinav ülkelerinde Lutherci Kiliseler; Fransa,İsviçre,Hollanda'da Calvinist Kiliseler ; İngiltere'de Anglikan Kilise; İskoçya'da ise presbyterien Kilise vardır.
