Mehmet Niyazi, II. Osman devrinde, hicri 1027, miladi 1617 yılında Malatya’da doğmuştur. Babasının ( Ali Çelebi) bir Nakşibendi tarikatı mensubu olmasına rağmen, henüz 21 yaşında genç bir vaiz iken Halvetî Tarikatı şeyhi Malatyalı Hüseyin Efendi’ye intisab etmiş, kadiri bir mutasavvıftan istifade etmiş olan bu şair sufi nin kabiliyetlerini geliştirebilecek kişileri bulabildiği söylenebilir.
Diyarbakır ve Mardin de mantık ve kelam okudu, o zamanlar hocası yalnız Mısır’da bulunan "Miftah-ı Ulumil Gayb" (Gayb ilimleri anahtarı) ilmini öğrenmek üzere Mısır’a gidip Ezher Camii civarında kadiri bir şeyhe bey at etti.
Bir gün şeyhi ona “Zahir ilim talebinden tamamen vazgeçmedikçe tarikat ilmi sana açılmaz” dediğinde niyaz ile Allah’a istihare ettiğini, rüyasında Abdülkadir-i Geylani Hazretlerinin Niyazi'ye nasibinin bu şehirde olmadığını ve “Senin şeyhin bu şehirde değildir” diye Anadolu tarafını işaret ettiğini Mevaidu’l-İrfan (İrfan Sofraları) adlı eserinde anlatmaktadır.
Bunun üzerine şeyhinden ısrarla izin ister, rüyasını duyan şeyhi, kendisine hilafet vermeyi teklif eder ise de o gitmede ısrar eder ve izin alıp Mısır’dan ayrılır Anadolu yoluyla İstanbul'a gelir. Sokullu Mehmet Paşa Medresesi'nde bir hücrede irşada başlar (1646).
İstanbul'dan Bursa'ya gidip orada Veled-i Enbiya Camii kayyimi Ali Dede'nin evinde ve Ulu Cami yakınındaki medresede oturan Niyazi-i Mısri, yine bir rüya üzerine Uşak'a giderek Halvetiyyenin Elmalı'lı Yiğitbaşı Ahmet Efendi kolundan ve Ümmi Sinan Halifelerinden Şeyh Mehmed'e intisab eder. “Akıbet Şeyhim, göz bebeğim, kalbimin devası” olarak ifade ettiği Şeyh Ümmi Sinan Elmalı (k.s) ile Elmalı'ya giderek şeyhinin dergahında imamlık, hatiplik ve şeyhinin oğluna öğretmenlikte bulunur. Kırk yaşına ulaştığında Mısri Ümmi Sinan’dan hilafetini alarak irşada başlar. İşte onun mücadele hayatı bundan sonra başlar. Uşak, Çal, ve Kütahya’da bulunmuş; Bursa, Edirne’den sonra bir müddet İstanbul’a yerleşmiştir. Üsküdar’da Aziz Mahmud Hüdayi Hazretleri ile komşu olmuştur.
1669 tarihinde Bursa’ ya gelmiş, Bursa’da Ulu Camii civarında bir hücrede irşad, camide va’azlara devam etmiş; bir yandan da geçimini temin ve yoksullara yardım maksadıyla mum yapıp satmıştır. Abdal Çelebi adlı bir tüccar Niyazi'ye bir dergah yaptırır. Bursa’da Ulu Cami’nin kıble tarafında şu anda postanenin bulunduğu köşede, dergah 1080 (1669-1670) tarihinde merasimle açılmıştır. Bursa’da tekkesini kurduğu yıllar tekke – medrese tartışmalarının en yoğun olduğu yıllara rastlar; sesli zikir meclisleri yasaklanmıştır. Mısri bu karara uymamış ve açıkça mücadele etmiştir. Hacı Mustafa adlı birinin kızı ile evlenir. Bir kız çocuğu olur.
Sadrazam Köprülüzade Fazıl Ahmet Paşa'nın daveti üzerine Edirne'ye giden Niyazi, cifre dayanarak bazı sözler söylediğinden 1087 (1673)’ te Rodos'a sürülür. Dokuz ay sonra affedilerek Bursa'ya döner.
Dönüşte Bursa’da çalışmaya devam etmiş, 1677’de Rusya seferi için halkı cihada davet etmek amacıyla 300 kişilik bir derviş grubuyla Edirne’ye geçmiş, Selimiye Camii’ndeki bir hutbesinden dolayı bu kez Limni Adası’na sürgün edilmiştir. İki sene sonra affedilmesine rağmen dönmez ve Limni’ de Mısri dergahı kurar. On beş yıl sonra tekrar Bursa’ya gelir.
Padişah II.Ahmed’ in, şeyhe mahsus bir koçu araba, dervişler için de para gönderdiği bilinmekte olup, Niyazi'yi çok saydığı anlaşılmaktadır. Niyazi-i Mısri'nin padişaha, iş başında bulunan hainleri keramet ile birer birer haber vereceği şayiası, devlet adamları arasında telaş uyandırır. Sadrazam Bozok'lu Mustafa Paşa, Mısri Efendi'nin duasını almak isteyen ve sonra sefere çıkılmasını münasip gören II. Ahmed’i, bu zat geldiği takdirde büyük bir fitne zuhur edeceği yolundaki telkinleriyle fikrinden vazgeçirdi. Niyazi, 26 Şevval, 1104 (30 Haziran 1693) Salı günü Edirne'ye gelip va'zetmek üzere Selimiye Camiine indiği zaman, halk caminin etrafını almış, kalabalıktan içeriye girilemez olmuş idi. Bu durum karşısında Sadrazam, Niyazi-i Mısri'nin eğer derhal sürgün edilmezse büyük bir karışıklık çıkacağını padişaha telkin ederek, Niyazi-i Mısri'nin Limni'ye gönderilmesi hususunda bir ferman alır. Tekrar Limni’ye sürülür (1693). Orada, bir müddet sonra 20 Recep 1105 (16 Mart 1694)’te, 78 yaşında vefat eder.
