Kemal Bey, Ermeni tehcirinde görevini kötüye kullanarak ölümlere sebep olduğu iddiasıyla, idamla yargılanmıştır. İşgal şartlarında cereyan eden mahkemede, çoğunluğunu Ermeni komitecilerin teşkil ettiği ve İngiliz Yüksek Komiserliği’nin ve Rum-Ermeni Şubesinin temin ettiği birçok yalancı şahit çıkarılarak, akıl ve mantığın kabul etmediği bir sürü suç uydurulmuştur...
Mahkemede sanık sandalyesinde bulunan ve avukatlığını Saadettin Ferit Bey’in yaptığı Kemal Bey'in savunması ise tarihe geçmiştir:
Düne kadar hakimler heyeti halinde olan sizler, şu dakikada bir tarih mahkemesi sıfatını almış bulunuyorsunuz. Ermeniler tarafından öldürülen dindaşlarının ve soydaşlarının matemi Müslümanların yüreklerinin sızlattığı ve her gün gelen kara haberlerin halkı tahrik etmekten geri kalmadığı malumdur. Ermeniler ise, Rus Ordularının kah önüne geçerek, kah arkasında kalarak, ekseriya memleketin asker kuvvetinden mahrum kalmasına güvenerek facialar meydana getirmekten çekinmiyorlardı. Yozgat Vilayeti dahilinde sevk edilen bazı Ermeni - Muhacir kafilelerine, Ermenilerin Müslümanlara reva gördükleri facialara şahit olmuş, bazı asker kaçaklarının tecavüzü ihtimal dahilindedir. Ancak, savaşta yenilişimizin aleyhimizde meydana getirdiği hezeyanı durdurmak maksadıyla iddia makamının da isteği üzerine, kurbanlar verilmesi bir siyaset icabı sayılıyorsa, bu kurban, ben olamam. Siz kurban seçmekte değil, ancak hak ve adaletle hüküm vermek vicdani görevini taşıyan bir yüksek heyetsiniz. Mutlaka kurban aranıyorsa, herhalde bu işlerin tertipçisi ve idarecisi olarak benim gibi küçük bir memur bulunacak değildir.
Getirilen şahitlere ise şu şekilde cevap vermiştir:
Hepsi yalandır, uydurmadır. Reis Paşa, ben ne bunların söyledikleri Keller köyüne gittim ne de oradan geçtim. Burada vuku bulduğunu iddia ettikleri cinayetlerden de haberim yok. Hele parmaktan çıkmayan yüzüğü almak için kol kesmek; rica ederim. Bu vahşeti kim yapar? Bu derece şem’i bir işi yapacak bir insan tasavvur edemiyorum. Esasen, birini ispat edemezler. Çünkü, hepsi iftiradan ibarettir. Benim haberim olmadan bir şey olmuşsa bilemem. Fakat bu ana kadar bu mevzuda hiçbir şikayetçi gelmemiştir. İlk defa burada Mahkeme huzurunda bu şikayetlerle karşılaşıyorum.
Mahkeme bu şekilde devam ederken, İngilizler ve Ermeniler Kemal Bey’in asılması için Mahkeme Başkanı Hayret Paşa’ya baskı yaptıklarından, Hayret Paşa istifa etmiş yerine “Nemrut” lakabıyla anılan Mustafa Paşa getirilmiştir. Mahkeme sonradan bu hakimin adı ile özdeşleşecek ve "Nemrut Mustafa Divanı" veya "Kürt Mustafa Divanı" şeklinde hafızalarda kalacaktır.
Nemrut Mustafa önceden verilmiş bir emri yerine getiren bir memur tavrıyla mahkemeyi sonuçlandırarak 8 Nisan 1919’da Kemal Bey’i idama mahkum eder. Önceden hazırlanmış olan bu idam kararı tasdik edilmek üzere saraya gönderilir. Padişah VI. Mehmet Vahdettin, “Damat Ferit Paşa Millet ile Padişah arasına siyah bir perde çekti” diyerek, bu kararı imzalamaz. “İş intikam ve bilahare mukatale şeklini alabilir. Yolun şimdiden önünü kesmek üzere fetva-yı şerife talebine mecbur oldum” der. Seyhülislam Mustafa Sabri “Divan-Harb-ı Örfi tarafından idama mahkum edilen Kemal’ın mahkemesi hak ve adle muvafık bir surette icra edilmiş olduğu takdirde, hakkında sadır olan hükm-i idamın derun-i varakada muharrer fetva ve mükul-i şer’iyeye muvafık olduğu veraste-i arzdır” şeklinde bir fetva verir.
Cezası infaz edilmek üzere İstanbul’a getirilmiş olan Mehmet Bey, Bekirağa Bölüğü’nden alınarak cezasının infaz edileceği yer olan Beyazıt Meydanı’na getirilir. Kemal Bey’in asılacağını duyan İstanbullular Beyazıt Meydanı’ndan toplanırlar.